Prima atestare istorică a comunei Păunești datează din 2 iunie 1551, din timpul domniei voievodului Moldovei, Ștefan al VI-lea (24 mai 1551 – 1 septembrie 1552), fiul lui Petru Rareș (Ianuarie 1527 – Septembrie 1538, Februarie 1541- Septembrie 1546) și face referire la „poiana Păunești”. Alte două documente importante din epoca respectivă care fac trimitere la această așezare au fost emise de domnul Moldovei, Bogdan Lăpușneanu (1568-1572), respectiv de cancelaria acestuia, pentru a atesta proprietățile neamurilor lui Toader Sofiotul. Astfel, se precizează la proprietățile împărțite „și a treia parte dintr-o poiană den Păunești și a trei parte la pădure cu pomeți”
Existența unor așezări datând din epoci mai vechi nu este însă exclusă, în contextul în care în comuna Păunești nu s-au executat săpături arheologice sistematice.